Zinātne ir UNESCO otrā prioritārā darbības joma. UNESCO izceļ zinātnes un zināšanu lomu sabiedrības attīstības veicināšanā un aicina dalībvalstis savas attīstības programmas balstīt uz objektīviem pētījumiem un zinātnes un tehnoloģiju sasniegumiem.

UNESCO mērķis zinātnes jomā ir stiprināt partnerattiecību nozīmi – starp zinātniekiem, valstu valdībām un uzņēmējiem, starp augstākajām mācību iestādēm, pētniecības laboratorijām un sabiedrību. UNESCO veicina starptautisku zinātnieku asociāciju un forumu veidošanos, regulāru savstarpēju domu apmaiņu, noteiktu starptautisku principu iedibināšanu un ievērošanu.

Lai efektīvāk atbalstītu zinātnes jomu pasaulē, UNESCO savu darbību īsteno caur Dabas zinātņu un Sociālo un Humanitāro zinātņu programmām, kur katrai nozarei ir savi pamatuzdevumi un mērķi. Dabas zinātņu programmu mērķis ir veicināt zinātnes ieguldījumu ilgtspējīgā attīstība. Sociālo un humanitāro zinātņu programmu mērķis ir risināt ētiskos izaicinājumus, kā arī veicināt lokālo kultūras un sociālās vides pētniecību.